Væskekjølt, DOHC, 8-ventilert 649 cm3 Parallel Twin, med bensin-innsprøytning som villig, spesielt i nedre og midtre del av turtallskurven leverer kreftene smidig og med god respons. Motoren er oppsett med en ”kjørevennlig” karakteristikk effektmessig, noe som gir trygghet til "ferske" motorsykkelister. Innsprøytning med nytt oppsett, har en bedre og jevnere respons (spesielt under 4,000 o/min.) og bidrar til den nye ER-6f's gode gassrespons. Motorens imponerende effekt-karakteristikk i mellomregisteret gjør sykkelen spesielt morsom under bykjøring, og det eksepsjonelle dreiemomentet forenkler forbikjøringer radikalt.

Ser man hovedkåpen fra siden, er de særegne elementene til Ninja-designet meget tydelig. Det er nøye kombinert fargede og sorte elementer for å danne et kompakt helhetsinntrykk – en metode som også blir brukt på Ninja ZX-10R.