Veske-kjølt, DOHC, 16-ventil 1,043 cm3 rekke-4 med boring x slag 77.0 x 56.0 mm yter sterkt dreiemoment og silkemyk men kraftig effekt selv på lave turtall. Sammenliknet med Z 1000 , leverer denne motoren mer effekt i mellomregisteret og litt mindre effekt på topp turtall. Maks moment og effekt oppnås på lavere turtall enn på Z 1000 motoren. Senket trottle-hus og lengre innsugstrakter gir innsugsluften kortere vei til forbrenningsrom, men samtidig en luftstrøm som gir optimal motorkarakter for inspirerende vei-kjøring. FI settingen leverer effekten silkemykt, lineært og med svært god respons. Fleksibel motor gjør Versys 1000 til en fryd å kjøre på lavt turtall i trafikkerte gater, men samtidig herlig å bruke til mer aggressiv gassing på landeveien.